如何生成RDKit JS

@hanq  2020年10月22日 09:56

简介

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口,在Github上看到可以生成RDKitjs版本,所以有了此文。

RDKit基于的是BSD授权,允许作者使用该协议下的资源,将其并入私人版本的软件,该软件可使用闭源软件协议发布。

注:

问题处理

找到github相关的IP地址

因在Build Docker的时候,通过https://www.ipaddress.com/搜索下载失败的服务的IP地址,并在build指令后追加--add-host host:ip这样的格式,来解决构建问题

修改Dockerfile无效指令

因国内更新不了emscript tags,所以将第28-30行的

    RUN ./emsdk update-tags && \
      ./emsdk install latest && \
      ./emsdk activate latest

改为:

    RUN ./emsdk install latest && ./emsdk activate latest

操作步骤

克隆Github项目

生成Docker镜像

  • cd Code/MinimalLib/docker
  • docker build --add-host codeload.github.com:192.30.255.121 -t rdkitjs:latest .

--add-host codeload.github.com:192.30.255.121 是我过程中检查失败下载的时候追加的host配置,这里根据自己的情况来

运行Docker

  • docker run -it rdkitjs:latest /bin/bash

检查文件

运行docker后,cd /src/rdkit/Code/MinimalLib/demo,检查输出物,有文件:

  • demo.html
  • RDKit_minimal.js
  • RDKit_minimal.wasm

且不为空就代表成功了

exit 退出docker的bash

复制Docker文件到宿主机器

  • dock ps 得到容器id,我的是495de44c1710
  • docker cp -a 495de44c1710:/src/rdkit/Code/MinimalLib/demo /root/rdkit_demo/

会在/root/rdkit_demo/下复制过来demo文件夹,就是生成的文件了


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